כבר כתבתי על כך בעבר באיזה פורום, אך פה נראה לי במה יותר מתאימה לדון על כך:
הניקוד הידוע והנפוץ היום בשם השם הוא: יְהוָֹה.
ניקוד זה בעיני הוא טעות או לפחות אינו ידוע לנו בקבלה מדורי דורות אלא פרי טעות שחל במהלך השנים (לא יודע בדיוק מתי)
לראשונה בכתבי יד הקדומים כגון כתר ארם צובא ועוד, וכן בכתבי יד המאוחרים ובדפוסים הקדומים, לא נוקד שם השם בניקוד שלו עצמו, אלא בשם שאנו קוראים בפועל תמורתו: כשמדובר בשם אדני שאנו קוראים תחתיו, נוקד שם השם כך:יְהוָה.
יוד בשוא אינני יודע מדוע (אולי בגלל החתף שתחת האל"ף באד-ני), ו-וו בקמץ, הואיל ו- בשם אד-ני, הנון בקמץ. (השם אד-ני מנוקד בכתר ארם צובא כך: אֲדנָי) והא ללא כלום הואיל ובכתר הדלת שבאד-ני לא מנוקדת.
באותו הדרך גם כששם השם נקרא בשם אלהים (כשהוא בא אחרי יהוה פעם שניה). הניקד הוא כך: יְהֹוִה, יוד בשוא, אינני יודע מדוע (או אולי בגלל החתף), ו-ה' בחולם כנגד ה-ל, ו-וו בחיריק בגלל האות הא מאלהים המנוקדת כך.
כך היא תמונת המצב בכתבי יד ובדפוסים הקדומים, אלא שבשלב מאוחר נוקדה האות וו בחולם בנוסף לקמץ, כנראה מבורות שחשב המוסיף שהניקוד החלקי הוא משם השם י-ה-ו-ה בעוד ששם השם לא מנוקד כאן.
השם י-ה-ו-ה שנקרא אלהים נוקד ממש לגמרי כמו שמנקדים אלהים, והשיטה הקדומה נשכחה.
שריד שעוד נותר מהשיטה הקדומה הוא הכינוי בכתיב לשם השם שהוא שתי יודין: יי. פה עדיין ממשיכים לנקד כך: יְיָ.
יתכן שהשוא הראשון הושם בכדי שלא יקרא הקורא בטעות את השם ממש בהגייה הקרובה שכן סברה יש שיוד זאת במקור הייתה פתוחה וכמו ביוד בשם: יה.
כיום בתנ"ך שם יה-וה של אדנות מנוקד כך: יְהוָֹה ושל אל-הים מנוקד כך: יֱהֹוִה. ואיני יודע מדוע דווקא באלקים המירו את האלף לסגול, ולא באדנות לפתח?