כתב רס"ג באמו"ד (מאמר שלישי, אות ח):
"כך הוא הדין בכל טוען נבואה, אם אמר לנו אלהי מצוה עליכם לצום היום נדרוש ממנו מופת על שליחותו, וכאשר יראינו אותו נקבל ונצום. ואם יאמר אלהי מצוה עליכם לזנות ולגנוב, או מודיע לכם שיביא מבול מים, או מודיעכם שהוא ברא את השמים והארץ במשך שנה דברים כפשוטן, לא נדרוש ממנו מופת, כיון שקרא אותנו למה שלא יתכן לא בשכל ולא במסורת וכבר הוסיף אחד מהם על דבר זה ואמר, ומה יהיה אם הוא לא שעה לנו והראה לנו אותות ומופתים וראינו אותם בהחלט מה נאמר לו אז, עניתי כי אנו נאמר לו אז כמו שנאמר כולנו למי שהראה אותות ומופתים כדי שנניח מה שיש בדעתינו מאהבת האמת והרחקת השקר ודומיהן. עד שהוכרח לומר כי הרחקת השקר ואהבת האמת אינן מדרך השכל, ואינן אלא מצד הצווי והאזהרה, וכך מניעת הרצח והניאוף והגניבה וכל הדומה להם. וכאשר יצא לידי דברים אלו נפטרנו מטרחו וחדלנו לדבר עמו".
משמע מדברי רס"ג כאן שנביא אינו יכול לטעון שה' צווהו לומר לעם לזנות ולגנוב, משום שהוא נגד 'מה שיש בדעתינו מאהבת האמת והרחקת השקר' (כלומר, נגד המושכל, ובגדר הנמנע). ולכאורה צ"ב שהרי בהוראת שעה יכול לצוות כן, ולפי טעמו של רס"ג אין מקום כלל להוראת שעה בזה, כיון שהוא בא לצוות נגד המצוות השכליות כרצח וניאוף וגניבה, שאינם כמו המצוות השמעיות שלא באו מדרך השכל, אלא בדרך הציווי והאזהרה. ויוצא מדברי רס"ג שאין דין הוראת שעה במצוות שכליות.
וזהו חידוש גדול, ובפרט דקי"ל שבהוראת שעה מותר לעבור על כל המצוות חוץ מע"ז (ואולי, לשיטת רס"ג, ע"ז היא רק דוגמא למצווה שכלית?).
ובאמת בהוראת שעה דאליהו היה זה במצווה שמעית, שלא להקריב חוץ למקדש.