דעת הגרשז"א ז"ל מוטב שלא יטבול משיטבול ויתפלל ביחידות. וכן הוא במשנ"ב סימן פח ס"ק ב' וכמבואר בשעה"צ שם אות ד', דכיון שכבר בטלוה, אין להחמיר במידי דאתי לידי קולא, ועיין בספר מי דעת אוצר עניני תקנת עזרא וטהרת ישראל, להרב אברהם מרדכי ברטשטיין ז"ל עמוד צ"ח שהוכיח באריכות דטבילת עזרא דוחה מעלת ק"ש ותפילה כותיקין, ואם כן כל שכן שדוחה תפילה בציבור, והביא גם מספר משמרת שלום סימן ב' דטוב יותר להתפלל בטהרה ובפרט כשיודע שכשאינו טובל אינו מסוגל לכוון בתפילתו, אם כן עדיף לטבול, אף אם עי"כ יתפלל ביחידות. ועיין עוד בענין זה בשו"ת מנחת יצחק ח"ד בסוף סימן ס"א. ובח"ג סימן טו עיין שם.
----
אשמח לשמוע דעת חכמי בית המדרש בעניין זה.