לענ"ד מעלתם של ערים המוקפות חומה היא מפאת היותן מקום המיוחד ליישוב ישראל.
כך נראה ממה שמביא הר"ש (כלים א-ז) בשם ספרי (אינו נמצא בספרי לפנינו):
עיירות המוקפות חומה - בת"כ בפרשת בהר סיני תניא גבי בתי ערי חומה איש כי ימכור בית מושב עיר חומה יכול הקיפוה חומה מכאן ולהבא ת"ל בית מושב עיר חומה שמוקפת חומה מימות יהושע בן נון ומסתברא דהוא הדין כאן דמשלחין מתוכן מצורע ומצורע משתלח חוץ לשלש מחנות כדדרשי' מקראי בפ' אלו דברים (דף סז א) ובתחלת ספרא בפרשת נשא וקדש יהושע כל עיירות המוקפות חומה בקדושת מחנה ישראל אבל לא כל א"י ולא שאר עיירות שאין מוקפות חומה:
הרי מבואר שקדושתן היא מצד קדושת מחנה ישראל.
מדוע ערים המוקפות חומה הן יותר בחינה של 'מחנה ישראל' מאשר ערים שאינן מוקפות?
נראה שזהו עניין של הגדרת המקום מצד עצמותו. כוונתי, שבערים שאינן מוקפות חומה, עם השנים העיר פשוט יכולה לזוז: יבנו שכונות חדשות בצד, ואולי יזניחו את פיתוח השכונות הישנות. נמצא שמה שהמקום הזה הוא מקום דירתם של ישראל, זהו דבר מקרי, ולא מצד עצם המקום. וזהו שנאמר "ובתי החצרים אשר אין להם חמה סביב על שדה הארץ יחשב" (ויקרא כה-לא, וראה שם בתרגום יונתן ובחזקוני). מה שאין כאן בערים המוקפות חומה, החומה מקבעת את מקום היישוב. נמצא שזהו מקום היישוב בעצם.
[ניתן עוד אולי להטעים, שגם מחנה ישראל המקורי שבמדבר היה מוקף על ידי ענני כבוד. וגם נקרא כמקום הקבוע, כמו שאמרו בשבת (לא:) כיון דכתיב על פי ה' יחנו - כסותר על מנת לבנות במקומו דמי]
לגבי זה שהדבר תלוי בזמן יהושע בן נון. אפשר הטעם משום שאז נתקדשה הארץ.
לגבי פדיון בתי ערי חומה, מבואר (מגילה י.) לכאורה גם כן שהוא תלוי בקדושה. החינוך (שמ, שמא) מסביר שהוא מצד חיבת הארץ, כדי שיזדרז לפנות את הבית. ולפי זה נראה שהוא מבואר שהוא תלוי בקדושה המיוחדת של המקום.