במשנה בכלים יז, י מבוארת דעת ר' מאיר ש"כל האמות היו בינוניות חוץ ממזבח הזהב והקרן והסובב והיסוד", ובעירובין ד, א ובמנחות צז, א מבואר הלימוד לזה. כלומר, שהאמות של מזבח החיצון היו של ו' טפחים, מלבד היסוד והקרנות שהיו אמה של ה' טפחים (הסובב - רש"י והרמב"ם מבארים שהכוונה לרוחב הסובב ולא לגובהו).
אמנם הסוגיות הללו עוסקות לכאו' במזבח של בית שני, שמידותיו היו ל"ב אמה על ל"ב אמה, אולם מזבח מִּדְבָּר שמשה נצטווה עליו היה ה' אמות על ה' אמות (לשיטת ר' יוסי, אמנם לשיטת ר' יהודה היה של י' על י'), ובזה לא מבואר האם היסוד והקרנות היו אמה של ה' טפחים או של ו' טפחים. הלימוד שהגמ' מביאה הוא ממזבח יחזקאל שרש"י מסתפק אם הוא מזבח של בית שני או לעתיד לבוא, אבל ודאי שאינו מזבח של משה.
גם הרמב"ם מדבר רק על מזבח של ל"ב על ל"ב, וכלל לא מזכיר את אורך ורוחב המזבח של משה, מלבד מקום אחד שיש נפק"מ להלכה בשיעור הקטן ביותר של מזבח, ששם מבואר בעקיפין שהמזבח של משה היה ה' על ה' (ע"פ הסוגיא בזבחים סב, א), אבל אינו נכנס לשאלה איזו אמה מדובר של ה' או של ו'.
חיפשתי רבות ולא מצאתי מי שמדבר על זה, מלבד הגרח"ק בדרך חכמה (הל' בית הבחירה ב, ו), שמביא ראיה מגמ' שכל האמות של המזבח היו של ו' טפחים.
ז"ל הרמב"ם שם: י' אמות של גובה המזבח מהן באמה בת ה' טפחים, ומהן באמה בת ששה טפחים ושאר כל אמות הבנין באמה בת ששה טפחים, וגובה כל המזבח נ"ח טפחים.
וכותב ע"ז הגרח"ק: משמע דקאי אכל המזבחות שמנה בה"ה... וקשה דאמרי' בזבחים נ"ט ב' מה משכן י' אמות אף מזבח י' אמות, וקשה דהא אמות דמשכן ודאי היו של ו' טפחים כמש"כ רבנו ושאר כל אמות הבנין באמה בת ו' טפחים, ואם למזבח חסר ב' טפחים א"כ לא דמיא למשכן. וצ"ל שלא היו ממש שוין דבבית שני בנו דומיא דלעת"ל דיחזקאל... אבל בשל משה ובבית ראשון לא כתיב האי קרא. וי"ל דשם י' אמות ממש וכדכתיב בדה"ב ב' ועשר אמות קומתו, ומ"ש בברייתא דמה"מ שהעתיק רבנו שהיו כולן בני י' אמות, היינו שם י' אמות.
ההוכחה של הגרח"ק ברורה, שהגמ' כותבת שהמזבח היה בגובה של המשכן, ואם נאמר שהיסוד והקרנות היו באמה של ה' טפחים, נמצא שחסרים ב' טפחים מגובה המשכן. ולכן הוא מסיק שמה שכתוב בברייתא דמלאכת המשכן פי"א וברמב"ם שכל המזבחות (של משה, ובית ראשון ושני ולעת"ל) היו עשר אמות, אין הכוונה בדיוק אותו גובה אלא הוא שיתוף השם בלבד.
קצת צ"ע, שהרי אפשר לתרץ גם להיפך, שמה שכתוב בזבחים ובברייתא דמה"מ "מה משכן י' אמות אף מזבח י' אמות" גם אפשר לתרץ כך שהוא שיתוף השם בלבד, ובאמת המזבח היה נ"ח טפחים והמשכן היה ס' טפחים. ומ"מ נראה שעדיף לתרץ כהגרח"ק, מפני שבזבחים שם מקשה ר' יהודה לר' יוסי "אפשר כהן עומד ע"ג המזבח ועבודה בידו וכל העם רואין אותו מבחוץ?", ועל זה משיב ר' יוסי שיש ראיה מפסוק שגובה המזבח וגובה המשכן היו י' אמות, ומבואר שר' יוסי מסכים שאכן כל העם רואים את הכהן ע"ג המזבח. מאידך, אפשר לומר שגם בפער של ב' טפחים עדיין כל העם רואים כהן עומד ע"ג המזבח, ושוב אין כאן הוכחה.
האם ידוע מישהו שמדבר על השאלה כמה טפחים היו האמות של המזבח שבנה משה?