תוס' זבחים עא.
ועוד שאל הרב רבי יצחק מר"ת דקאמר רבי שמעון הנסקלים בנשרפים ידונו בסקילה שהשריפה חמורה ניזיל בתר רובא להחמיר בדיני נפשות כדאיתא פרק קמא דחולין דלא חיישינן שמא במקום סייף נקב הוה ותירץ דלא אזלינן בתר רובא להחמיר כיון שנהרג בלאו הכי במיתה אחרת.
תוס' חולין יא:
הקשה רבינו יצחק ברבי מרדכי דהכא ילפינן מרוצח ועדים זוממים דאזלינן בתר רובא אף בדיני נפשות וכן מוכח בריש פ' בן סורר ומורה ובאלו הן הנשרפין אמרינן נסקלין בנשרפין ידונו בסקילה הקלה אף על גב דרוב נשרפים נינהו ותירץ ר"ת דכיון דממה נפשך הוא נהרג לענין באיזו מיתה הוא נהרג לא אזלינן בתר רובא.
אולי יש לכם הסבר טוב ופשוט בתירוץ התוס' שהוא סתום לכאורה.