במשנה (ברכות פ"ד מ"ב) 'רבי נחוניא בן הקנה היה מתפלל בכניסתו לבית המדרש וביציאתו תפלה קצרה. אמרו לו, מה מקום לתפלה זו. אמר להם, בכניסתי אני מתפלל שלא תארע תקלה על ידי, וביציאתי אני נותן הודיה על חלקי'.
משנה זו שנויה בפרק תפילת השחר, בין המשניות העוסקות בדיני התפילות החובה הסדורות, במשנה א' זמני תפילת השחר המנחה והערב, ובמשנה ג' בכל יום אדם מתפלל י"ח, והמהלך במקום סכנה מתפלל תפילה קצרה. ולכאורה תמוה מה שייך לכאן תפילת בית המדרש שהיא תפילה הבאה בשעת הצורך.
ולכאורה מקום תפילת בית המדרש זו הוא בפרק ט', בו שנויים הבקשות והברכות המזדמנות, וכגון המשנה (ט, ד) 'הנכנס לכרך מתפלל שתים, אחת בכניסתו ואחת ביציאתו. בן עזאי אומר, ארבע, שתים בכניסתו ושתים ביציאתו, ונותן הודאה לשעבר, וצועק לעתיד לבוא'. וכעין זה היא גם תפילת בית המדרש.
ואכן הרמב"ם בספר הלכותיו אכן קבע הלכה זו בהלכות ברכות (ולא בהלכות תפילה שם נידונו זמני התפילה וסדריה) (הלכות ברכות פרק י הלכה כג) 'הנכנס לבית המדרש אומר יהי רצון מלפניך וכו' וביציאתו מבית המדרש וכו'. הנכנס לכרך אומר יהי רצון וכו'.
ומסיים 'כללו של דבר לעולם יצעק אדם על העתיד לבא ויבקש רחמים ויתן הודיה על מה שעבר ויודה וישבח כפי כחו וכל המרבה להודות את ה' ולשבחו תמיד הרי זה משובח'.
ויש לתמוה אפוא מדוע במשנה נקבעה משנה זו בפרק ד' 'תפילת השחר' בתוך הלכות התפילות הסדורות והקבועות.