כמה ספרי ראשונים חשובים חסרים באוצר:
פירושים ופסקים לר' אביגדור צרפתי,
טעמי מסורת המקרא לר' יהודה החסיד, מהדורת י"ש לנגה
פירוש התורה לר' חיים פלטיאל, מהדורת י"ש לנגה
פירוש הרוקח על התורה,
פירוש רבינו אפרים על התורה,
רמזי רבינו יואל על התורה,
את שלושת הספרים האחרונים הוציא לאור ר' יואל קלוגמאן מארה"ב.