ופירש"י,
.עלי באר - מתוך הנחל והעלי מה שאת מעלה. ומנין שהבאר הודיעה להם, שנאמר ומשם בארה. וכי משם היתה, והלא מתחלת ארבעים שנה היתה עמהם, אלא שירדה לפרסם את הנסים, וכן אז ישיר ישראל. השירה הזאת נאמרה בסוף ארבעים, והבאר נתנה להם מתחלת ארבעים, ומה ראה ליכתב כאן, אלא הענין הזה נדרש למעלה הימנו
ולכאורה צ"ב במה שהקשה רש"י 'ומה ראה ליכתב כאן', והרי כבר הקדים שהשירה הזאת נאמרה בסוף ארבעים, והבאר ניתנה להם מתחילת ארבעים, וכאן כאשר הפרשה מיירי בסוף ארבעים זהו מקומה, ומהיכי תיתי יקדימו את המאוחר.
ואשר נראה מדבריו שאם אמנם שירת הבאר היתה מוסבת רק על מתנת הבאר במדבר שהספיק להם מים במדבר, אף שבאמת נאמרה לסוף ארבעים שנה, היתה צריכה להיכתב כבר מתחילה כאשר נזכר ענין הבאר, והטעם שלא נכתבה שם כי באמת תוכן השירה לא היה על הבאר כשלעצמו אלא על הענין הסמוך ומוקדם לשירה שזה נס נחלי ארנון, ואף שזה לא נעשה ע"י הבאר ואין לבאר שייכות לעצם הנס, אלא שהבאר ירדה לפרסם ולהודיע להם את הניסים, מ"מ זה נחשב לשירת הבאר.
וצ"ע, כאשר אנו מעיינים בשירה זו, אף שהיא באה על ניסי ארנון, וגם מפורש בקרא להלן פס' יד: על כן יאמר בספר מלחמת ה' את והב בסופה ואת הנחלים ארנון. ופירש"י: ואת הנחלים ארנון - כשם שמספרים בניסי ים סוף כך יש לספר בניסי נחלי ארנון, שאף כאן נעשו נסים גדולים וכו', אבל בתיבות השירה אין זכר לנסים אלו, רק מספר בשבח הבאר שחפרוה שרים וגו', וצ"ב שייכות וקישור הענינים זה לזה.
ולולי דברי רש"י היה מקום לומר ששירה זו היא על נס הבאר, והיינו משום שעתה נשלם קיום נס זה, וכן איתא במדרש אגדה כאן,
ד"א ומשם בארה. כיון שהגיעו ישראל אל הישוב נסתלקה מהם הבאר, ואמרו ישראל שירה עליה, שנאמר אז ישיר ישראל וגו'.
ובדברי רשב"ם וחזקוני נראה שבאמת השירה היתה על נס הבאר, אלא שבשעת מעשה לא אמרו שירה כי עליה נענשו משה ואהרן, יעו"ש, ומעתה יש לומר שכעת שהבאר גרמה שמחה ופרסום הנסים הגדולים שנעשו להם התעוררו לומר שירה.
ולפי זה, לכאורה צ"ב, מפני מה אמרו שירה על הבאר ולא על המן. ומצאתי שכן הקשו במדרש שמות רבה (פרשת בשלח פרשה כה),
ולמה לא אמרו שירה על המן כשם שאמרו על הבאר אלא על המן היו מוציאין דברי תפלות שנאמר ועתה נפשנו יבשה אין כל, אמר הקדוש ברוך הוא איני מבקש לא תרעומותיכם ולא קלוסיכם לפיכך לא נתן להם רשות לומר שירה אלא על הבאר מפני שהיו מחבבין אותה שנאמר עלי באר ענו לה.
ועוד יש לומר לפי מה שפירשו המיוחס לרש"י והברטנורא בפי' לאבות פ"ה על 'פי הבאר' שהוא אחד מהדברים שנבראו בערב שבת בין השמשות, "ויש אומרים, שפתחה פיה ואמרה שירה, שנאמר עלי באר ענו לה", ומעתה יש לומר שהשירה היא שירת הבאר ששוררה על הנסים והנפלאות שנעשו בנחל ארנון, וזה היה חלק מפרסום והודעת הנס, ובני ישראל ענו כנגדה בשבחים ובקילוסים על הבאר.