ובפר' שמות (שמות א, יא), וַיָּשִׂימוּ עָלָיו שָׂרֵי מִסִּים לְמַעַן עַנֹּתוֹ בְּסִבְלֹתָם וַיִּבֶן עָרֵי מִסְכְּנוֹת לְפַרְעֹה אֶת פִּתֹם וְאֶת רַעַמְסֵס.
ובגמ' סוטה (יא, א), את פיתום ואת רעמסס, רב ושמואל, חד אמר פיתום שמה, ולמה נקרא שמה רעמסס, שראשון ראשון מתרוסס; וחד אמר רעמסס שמה, ולמה נקרא שמה פיתום שראשון ראשון פי תהום בולעו.
וכתב המהרש"א בחידושי אגדות שם, וז"ל,
נראה דלמדו כאן לומר כן שהוא פיתום הוא רעמסס, דכבר היה רעמסס בימי יעקב דכתיב ויושב את אביו בארץ רעמסס, וע"כ אמרו דחדא הוא שהוא הפיתום שבנו נקרא רעמסס ע"ש ראשון ראשון מתרוסס, וחד אמר מקום רעמסס ראשון בנו ונקראת פיתום ע"ש פי התהום. וזהו הנכון שהכריח לרש"י ז"ל בפי' החומש לפרש לפי פשוטו את פיתום ואת רעמסס שלא היו מתחלה ראויות לכך ועשאן חזקות כו', עכ"ל. משום דעכשיו לא היה תחילת בנינם דהא כתיב בימי יעקב ארץ רעמסס.
והגריעב"ץ בכמה מקומות בכתי"ק (יעויין ישורון החדש (כרך ל עמ' קיז ובהערות) השיג על דברי המהרש"א, וז"ל,
נפלאתי ע"ז מאוד ששגג הרב ז"ל במחילת כבודו לחשב שרעמסס הכתוב כאן הוא הנזכר בפר' ויגש, ולא זו העיר הנזכרת כאן, כי שם היא ארץ רעמסס ונקראת העין בשוא נח, והכתוב כאן היא עיר ונקראת רעמסס העין פתוחה, והיא כשגגה היוצאת מלפני השליט שלא השגיח לראות הניקוד וכסבור שהם שוין גם בנקודתם.
ובהערות שם ציינו שכדברי היעב"ץ מפורש כבר באבן עזרא בפר' ויגש (בראשית מז, א):
'ולפי דעתי כי רעמסס פתוח העי"ן איננה שהי' דרים שם ישראל, כי מערי מסכנות פרעה היתה'.
אך לכאורה נראה להעיר על כך, דתנן ביומא (פ"ג מ"ז), בשחר היה לובש פלוסין של שנים עשר מנה, ופי' ר' עובדיה מברטנורא, פלוסין - בוץ דק ויפה הבא מארץ רעמסס, תרגום ירושלמי רעמסס, פילוסא. [וכן כתב בתוס' הרא"ש ביומא לד, ב].
וכשנחפש בתרגום ירושלמי נמצא שבכל המקומות דכתיב רעמסס מתרגם הירושלמי וכן בתרגום המיוחס ליוב"ע 'פלוסין' או 'פלוסים', ולכאורה אם נחלק כנ"ל דתרי רעמסס נינהו, האחד ארץ הנזכר בפר' ויגש והשני עיר הנזכר בפר' שמות, א"כ מסתבר ש'פלוסין' מישך שייכא רק לארץ ולא לעיר, וצ"ע.