הגהותיו של ר' ישעיה ברלין זצ"ל לתלמוד בבלי, נדפסו לראשונה בגליונות דפוס דיהרנפורט תק"ס-תקס"ד.
כמעט כל מהדורות התלמוד שאחר כך נדפסו עם הגהותיו, וכפי שכתוב גם בספר מאמר על הדפסת התלמוד, ועוד כתב שם במעלתן וחינן של הגהות ר' ישעיה ברלין לתלמוד.
שאלתי היא מי הם החכמים המוקדמים ביותר בכל תפוצות ישראל אשר עמדו על ערכן וטיבן של הגהות ר' ישעיה ברלין, ואף השתמשו ודנו בהן בספריהם ובחידושיהם.
אפשר כמובן לחלק ולומר שעצם זה שיש מי שמזכירו במסכת מסויימת, לא אומר כי היה לפני אותו חכם תלמוד שלם על כל מסכתותיו, ויש לצדד בזה.
יישר כוח לכל מי שיוסיף בזה פרטים נחוצים ומשלימים
אזמיר
בעיר אזמיר לעת עתה מצאתי כי הגהות ר' ישעיה ברלין לתלמוד, נזכרות בספר משק ביתי הנדפס בשאלוניקי תקצ"ג. מה שאומר שלפחות עד שנת תקצ"ג כבר הגיעו הגהות ר' ישעיה ברלין לאזמיר.
בתקופות מאוחרות יותר בעיר אזמיר יש לצרף את ר' חיים פאלאג'י זצ"ל ובניו, ואת הרב פתח הדביר, ואחרים.