המהדורה הכי טובה למדרש 'פרקא דרבינו הקדוש' הוא של רא"י וורטהיימר, בתוך 'גנזי ירושלים', כרך ב.
הוא שילב מכמה כתבי יד שונים, כמו שהוא מתאר במבוא,
ובכל קטע וקטע הוא רשם את מקורותיו.
אבל דא עקא, שהוא אינו מסביר את הסימנים למקורותיו.
לדוגמא, לסימנים עד-עו (מפרקא רביעא) הוא כתב:
ולא מצאתי פתרון לסימנים אלו.
רק בפתח דבר הוא רשם פיענוח לקיצורים אחרים:
אודה למי שיוכל להאיר את עיני.