המקור הוא בפרקי דר' אליעזר פרק ל"ה, רק ששם מדובר על מקום המקדש עצמו (בית תפילתי), ולא על הכותל המערבי.
וז"ל:
השכים יעקב בפחד גדול ואמר ביתו של הקב"ה במקום הזה שנאמר ויירא ויאמר מה נורא המקום הזה. מכאן אתה למד שכל המתפלל במקום הזה בירושלם כאלו התפלל לפני כסא הכבוד ששער השמים שם הוא ופתח פתוח לשמוע תפלה שנ' וזה שער השמים.
וכן בכמה מקומות שבית המקדש של מטה מכוון כנגד כסא הכבוד של מעלה.
עוד אשאל, לא זכיתי להבין בזה, אבל לכאורה בית המקדש הוא גופו כסא הכבוד של מטה כמו שנאמר:
תְּבִאֵ֗מוֹ וְתִטָּעֵ֙מוֹ֙ בְּהַ֣ר נַחֲלָֽתְךָ֔
מָכ֧וֹן לְשִׁבְתְּךָ֛ פָּעַ֖לְתָּ יְהֹוָ֑ה מִקְּדָ֕שׁ אֲדֹנָ֖י כּוֹנְנ֥וּ יָדֶֽיךָ: (שמות ט"ו י"ז).
בָּנֹ֥ה בָנִ֛יתִי בֵּ֥ית זְבֻ֖ל לָ֑ךְ
מָכ֥וֹן לְשִׁבְתְּךָ֖ עוֹלָמִֽים׃ (מלכים א' ח' י"ג).
כִּסֵּ֣א כָב֔וֹד מָר֖וֹם מֵרִאשׁ֑וֹן מְק֖וֹם מִקְדָּשֵֽׁנוּ׃ (ירמיה י"ז ב).
אַל־תִּנְאַץ֙ לְמַ֣עַן שִׁמְךָ֔ אַל־תְּנַבֵּ֖ל כִּסֵּ֣א כְבוֹדֶ֑ךָ זְכֹ֕ר אַל־תָּפֵ֥ר בְּרִיתְךָ֖ אִתָּֽנוּ׃, וברש"י, "כסא כבודך" - בית המקדש. (ירמיה י"ד כ"א).
ובכמה וכמה מקומות נאמר להדיא שהקב"ה הוא 'יושב הכרובים' (שמ"א ד' ד', שמ"ב ו' ב', מל"ב י"ט ט"ו, ישעיהו ל"ז ט"ז, תהילים פ' ב', דה"א י"ג ו').