בביאורי הגר"א או"ח סי' רס"א וביו"ד סי' רס"ב, בויכוחו עם תוס' אודות זמן צאת הכוכבים, כתב "והזמן של הד' מילין ושל ג' רביעי מיל הכל על אופק שלהם בא"י ובבבל, אבל כאן מארכת יותר, וכן הזמן על הימים השוים בתקופת ניסן ותשרי שבהן הכל משתער. ובזה מתורץ שלא תוכחש מ"ש הרמב"ם וא"ע ששיעור הנשף הוא כ' מעלות שיעור שעה ושליש, ולפי דעת הגמרא הוא שעה ומחצה, וגם שם דברי הגמ' מוכחש בחוש שלפ"ז לא יהי' לילה ד' חדשים במדינתינו אבל שיעור הרמב"ם וא"ע על קו השוה ודברי הגמרא על אופקם."
וביו"ד הגירסה וגם 'ח"ו' דברי הגמ' מוכחש בחוש
ולכאורה קשה בכוונתו להקשות שלא יהיה לילה בוילנא ד' חדשים, והרי כבר כתב הוא בעצמו לחלק שהגמ' בפסחים ששם מוזכר 'ד' מיל' מדברת על אורך הנשף וכהגדרתו צאת כל הכוכבים [שאין זה נוגע ללילה ההלכתי לפי דעתו], משא"כ בגמ' שבת הנידון הוא בדין לילה להלכה שהוא בראיית ג' כוכבים בינונים - בזמן של ג' רבעי מיל, וזה וודאי שיש אף בוילנא כל ימות השנה,
ואם כוונתו היא שלא יהיה בווילנא חושך מוחלט ד' חדשים בשנה, וכהגדרתו 'צאת כל הכוכבים', הרי זאת היא המציאות וכפי שגם הוא בעצמו כתב "כי ודאי שיציאת הכוכבים וביאתן שוין, וכן ביאת האור ויציאתו שוין, שלכן במדינות הנוטים לא באה האור כלל בקיץ ", הרי שבכל מקרה אין חושך מוחלט בוילנא
ולפי זה, קשה לי מה ההוה אמינא " וגם שם דברי הגמ' מוכחש בחוש" ומה מתורץ ש"דברי הגמ' על אופקם" לפי דרכו.
אשמח אם אי מי מהחברים יורנו הדרך הנכונה בביאור דברי הגר"א