בתוס' ר"ה יג,א ד"ה דאקריבו הביאו משא ומתן בין הראב"ע לר"ת בדבר סתירת משמעות הפסוקים בפירוש המונח 'מחרת הפסח', וז"ל:
הקשה ר' אברהם אבן עזרא הא ממחרת הפסח היינו ט"ו בניסן שהוא מחרת שחיטת הפסח הנשחט בי"ד כדכתיב בפרשת מסעי ממחרת הפסח יצאו בני ישראל ביד רמה, וזה היה בט"ו. [וקשה משמעות קרא דיהושע דכתיב (ה,יא): וַיֹּאכְלוּ מֵעֲבוּר הָאָרֶץ מִמָּחֳרַת הַפֶּסַח מַצּוֹת וְקָלוּי בְּעֶצֶם הַיּוֹם הַזֶּה]. והשיב לו ר"ת, דה"ק קרא ויאכלו מעבור הארץ ממחרת הפסח כלומר מן הישן מצות, וקלוי דהוא חדש אכלו בעצם היום הזה - דהיינו ט"ז, דאקריבו עומר והדר אכול, וה"נ אשכחן ט"ז דאקרי בעצם היום הזה כדכתיב ולחם וקלי וכרמל לא תאכלו עד עצם היום הזה.
כדברי ר"ת שאף 'מחרת הפסח' האמור ביהושע מתפרש על יום ט"ו כתב הרד"ק ביהושע שם:
. כך גם הביא בבית הבחירה למאירי בר"ה שם בשם 'גדולי החכמים שבמפרשי המקראות'.ממחרת הפסח - הוא ליל חמשה עשר בניסן ויומו, כי הפסח קרב בארבעה עשר ומחרתו הוא יום חמשה עשר, וכן בחמשה עשר יום לחדש הראשון ממחרת הפסח יצאו בני ישראל
אמנם הרד"ק שפירש ע"פ הפשט אינו נזקק ליישב הקושיא לפי דברי הגמ' המפרשת שאכלו מהתבואה החדשה.
בהמשך הדברים מקשים תוס':
ומיהו קשיא דבתוספתא דסוטה (פי"א) ובפ"ק דקדושין (דף לח. ושם) אמרינן שהיו מסתפקין במן שבכליהם עד ט"ז בניסן דכתיב וישבות המן ממחרת באכלם מעבור הארץ שמע מינה משאכלו חדש פסק. וע"כ י"ל דט"ז נמי קרי ממחרת הפסח לפי שהוא יום מחרת אכילתו דנאכל בליל ט"ו.
בתוס' בקידושין לז,ב ד"ה בזמן הביאו פירוש ר"י שנחלק על ר"ת, ולדבריו מחרת הפסח היינו ט"ז בניסן, והוסיפו להכריח זאת מלשון הגמ',
'ור"י מפרש נהי דבעלמא ממחרת הפסח הוי ט"ו הכא ר"ל ט"ז ולשון התורה לחוד ולשון נביאים לחוד ולשון חכמים לחוד. ועל כרחך צ"ל כן דאם לא כן אמאי איצטריך למימר מעיקרא לא אכול, הא אין לחלק בין ט"ו לקודם ט"ו כיון דאכתי לא איקרב עומר. אלא פשיטא דר"ל ט"ז דהיינו ממחרת אכילת הפסח וההיא דפ' מסעי ר"ל ממחרת שחיטת הפסח כדפירשתי'.
כיו"ב מצינו בפירוש רש"י ליהושע שם: ממחרת הפסח - יום הנפת העומר שהקריבו עומר תחלה. הרי מפורש בדבריו שהנביא יהושע מכנה את יום ט"ז בניסן כמחרת הפסח. וכ"כ רש"י בפירושו לתורה פר' בשלח (טז,לה): אל קצה ארץ כנען - בתחלת הגבול, קודם שעברו את הירדן, והוא ערבות מואב. נמצאו מכחישין זה את זה, אלא בערבות מואב כשמת משה בשבעה באדר פסק המן מלירד, ונסתפקו ממן שלקטו בו ביום עד שהקריבו העומר בששה עשר בניסן, שנאמר (יהושע ה יא) ויאכלו מעבור הארץ ממחרת הפסח.
כדברי ר"י ממש מצינו בפסיקתא זוטרתא (לקח טוב) פר' מסעי:
ויסעו מרעמסס בחדש הראשון בחמשה עשר יום לחדש ממחרת הפסח. שאכלו ואף על פי שנאמר ביהושע (יהושע ה) ויאכלו מעבור הארץ ממחרת הפסח מצות וקלוי אין למדין דברי תורה מדברי קבלה שאומר ממחרת הפסח שאכלו ישראל מעבור הארץ מצות וקלוי שהיו בששה עשר בניסן אחר הקרבת העומר. וזה משמע ממחרת הפסח בחמשה עשר בניסן ואין דומין זה לזה.
כך עולה בבירור גם מלשון הרמב"ם (הלכות תמידין ומוספין פ"ז:
ומפי השמועה למדו שאינה שבת אלא יום טוב, וכן ראו תמיד הנביאים והסנהדרין בכל דור ודור שהיו מניפין את העומר בששה עשר בניסן בין בחול בין בשבת, והרי נאמר בתורה ולחם וקלי וכרמל לא תאכלו עד עצם היום הזה, ונאמר ויאכלו מעבור הארץ ממחרת הפסח מצות וקלוי, ואם תאמר שאותו הפסח בשבת אירע כמו שדמו הטפשים, היאך תלה הכתוב היתר אכילתם לחדש בדבר שאינו העיקר ולא הסיבה אלא נקרה נקרה, אלא מאחר שתלה הדבר במחרת הפסח הדבר ברור שמחרת הפסח היא העילה המתרת את החדש ואין משגיחין על אי זה יום הוא מימי השבוע.
[ובספר עץ החיים (לרבי חיים אבועלפיה) כבר עמד על השאלה, וכי מה ראיה יש מכאן כנגד הצדוקין, יפרשו הללו דממחרת הפסח היינו יום ט"ו, וז"ל: עוד קשה דהר"א אבן עזרא הקשה דממחרת הפסח היינו ט"ו דכתיב ממחרת הפסח יצאו בני ישראל. וי"ל דהכי נמי הכי פירושו ויאכלו מעבור הארץ מן הישן ממחרת הפסח שהוא ט"ו ולחם וקלי עד עצם היום הזה שהוא ט"ז דכתיב ולחם וקלי לא תאכלו עד עצם היום הזה הרי לשון עצם נאמר על ט"ז בניסן. ור"י תירץ לשון תורה לחוד ולשון נביאים לחוד ע"כ. ולפ"ז יאמרו הצדוקים פי' הר"א אבן עזרא וליכא שום ראיה דעד עצם יאמרו שהוא מחרת שבת בראשית. וי"ל דאף דלדידן ליכא ראיה לדידהו שאין מודים דרשת רז"ל איכא ראיה ולדידהו מייתי ראיה מפשטיה דקרא].
ובאמת הראב"ע עצמו בפירושו לתורה בפר' אמור (ויקרא כג,לט) מביא זאת בשם 'הגאון' ודוחה את דבריו,
הראב"ע נוטה יותר לפרש כפירוש אחר של הרס"ג:'והגאון אמר, ששני פסחים הם, פסח ה' ופסח ישראל. ופסח ה' בליל חמשה עשר. והנה ממחרת הפסח ביהושע יום ט"ז. ויהיה פי' ממחרת הפסח הכתוב בתורה ממחרת זבח הפסח, ולא אמר כלום. כי לא נקרא החג פסח, רק בעבור שפסח השם על הבתים, וממחרתו הוא לבקר יום ט"ו. וכן כתוב: כל היום ההוא וכל הלילה וכל יום המחרת (במד' יא, לב).
'ועוד אמר הגאון, שמצות וקלוי היה מהישן, וזה איננו רחוק, כי הכתוב אמר על תנופת העומר, שתהיה מהחל חרמש בקמה (דבר' טז, ט). ואם תנופת העומר היתה יום חמשה עשר, מתי קצרו ועשו מצות. ועוד כי אין קציר כי הוא ראשית קציר שעורים. גם יש כדמות ראיה על פירושו, שאמר מעבור הארץ (יהושע ה, יא). ויתכן שזה השם נקרא על התבואה שיש להשנה שעברה. וטעם מעבור הארץ, ארץ סיחון ועוג. והעד, שאמר אחר כן מתבואת ארץ כנען. ועוד, כי קלוי איננו כמו קלי, והכתוב אמר: ולחם וקלי וכרמל לא תאכלו (יד). ואין פסוק קלוי באש (ויקרא ב, יד) טענה, כי הוא תאר המעשה, כי אביב קלוי באש יקרא קלוי. ועוד יש להשיב, מאין נדע, כי הניף הכהן בעבר הירדן תנופת העומר, כי הכתוב אמר אשר אני נותן לכם (י), ועוד לא נתנה להם. ולא בא הכתוב להזכיר מצות וקלוי רק בעבור ששבת המן. וכן טעם כל הפסוק'.
פירושו זה של הגאון שולל לגמרי את האפשרות לחלק את הפס' כדברי ר"ת, ואדרבה הוא גורר את המשך הכתוב אחר תחילתו דמיירי בתבואה ישנה ולא בתבואה חדשה כלל.
אפשרות נוספת מובאת בדברי הריטב"א בר"ה שם, 'ויותר נ"ל כדברי המפרש דודאי ממחרת הפסח לפום קושטא דלישנא מחרת אכילת הפסח משמע ויום של אחריו משמע, [דהכי משמע] לשון מחר ומחרת בכל דוכתא ולא משמע בבקר, אלא שבמיעוט מקומות לא דייק קרא ונקט קרא [מחר] משום בוקר כההיא דמחר אתה מומת ודכותה ממחרת הפסח דאלה מסעי, או דבעי למימר ממחרת שחיטת הפסח ולא דק קרא בלישניה משום דמלתא דמפרסמא היא דבט"ו בניסן יצאו, הא כל היכא דליכא הכריחא לא משמע אלא ממחרת אכילת הפסח דהיינו יום י"ו'.