בעניין זמן לילה לשיטת המהרם אלשקר ודעימיה שזה ג רבעי מיל אחר השקיעה לשיטת הגאונים, יש כמה אחרונים שכתבו שזה רק לרבי יהודה, ולרבי יוסי זה יותר מאוחר כיון שקשה להם שבמציאות לא רואים כוכבים כ״כ מוקדם, וגם מה שכתוב שני כוכבים בין השמשות שלושה לילה הוא רק לרבי יוסי דלרבייהודה אין שני כוכבים בינונים בשקיעה, ויש שכתבו שלא יתכן שזמן רבי יוסי הוא מופלג מרבי יהודה וכן ניתן לראות שלושה כוכבים דקים כחוט השערה לזכי הראות אחר ג רבעי מיל, רק שני כוכבים בין השמשות זה רק לרבי יוסי, ולרבי יהודה בין השמשות יותר מוקדם.
הבעיה ששני המהלכים לא מסתדר עם מה שכתוב בתשובת הגאונים, שהגאונים כותבים שסימן שני כוכבים בין השמשות הוא גם לרבי יהודה, וגם כתבו שם שזמן רבי יוסי הוא מיד אחרי רבי יהודה, אז איך יפרשו המהרם אלשקר והעומדים בשיטתו שהגאונים חולקים על ר״ת שני כוכבים בין השמשות וכו׳, הרי בשקיעה לא יוצא שום כוכב שלא היה לפני השקיעה, אז איך אפשר לפרש שהגאונים דברו על שקיעה הראשונה?