יהודה בן יעקב כתב:בספר שרשי הים כותב "וראה זה מצאתי בכתבי הקדש מרן מלכא הרב המופלא חיים אבואלעפיא ז"ל".
האם ניתן לדעת אם כוונתו לבעמח"ס מקראי קדש ועוד, או לבעמח"ס נשמת חיים, או אולי ישנם רבנים נוספים הקרויים בשם זה.
יהודה בן יעקב כתב:הכתבים שהביא בדף קעג, א ובדף קעד, ב
יהודה בן יעקב כתב:הרב בעל שרשי הי"ם נפטר בשנת ה'תקע, ואף כי אינני יודע מהי שנת לידתו, אך מסתבר לי שבשנת פטירת הרב בעל ישרש יעקב ומקראי קדש = ה'תקד, היה צעיר לימים, וקצת קשה לי לקבל ש"מרן מלכא" מהרח"א פנה אליו בגיל צעיר זה שיגלה דעתו בנידון. אך אם המכוון הוא לבעל נשמת חיים שנפטר בשנת ה'תקלה, הדברים מסתברים יותר.
אכן, יותר נראה שכוונתו לרבי חיים בכ"ר דוד אבואלעפיא, בעל נשמת חיים.
ס' נשמת חיים, נדפס הרבה שנים אחרי פטירת המחבר בשנת תקס"ו, מתוך כתביו. [אחד מרבני איזמיר המסכימים (המקדימים) על הספר הוא רבי רפאל יצחק מאייו בעל "שרשי הי"ם" (השני הוא בעל חקרי לב), ועיי"ש שכותבים על המחבר תוארים ושבחים חשובים].
ס' שרשי הי"ם, נדפס כמעט באותם שנים, תקס"ז, תקס"ח, (וח"ג בתקע"ה), והוא מביא כאמור דברים מתוך כתבי "מרן מלכא הרב המופלא" רבי חיים אבואלעפיא.
והנה מה שהובא משרשי הי"ם ח"ג בדף קעג,א (ד"ה וראה) משם מהרח"א, הוא חקירה אם גם בעבירה דרבנן אומרים אין אדם משים עצמו רשע.
ומעניין שבס' נשמת חיים דף פ"ג ע"א (עשין ק"ט) ד"ה אמרו, דן באותו ענין.
ויש לעיין היטב אם יש שם דברים דומים, ואולי עי"ז יהיה אפשר לאשר או לדחות את הזיהוי הנ"ל, שהמובא בשרשי הי"ם שם בשם מהרח"א, כוונתו לבעל נשמת חיים.