בגמ' ברכות מ, א איתא:
"היכא מברכינן בורא פרי העץ היכא דכי שקלת ליה לפירי איתיה לגווזא והדר מפיק, אבל היכא דכי שקלת ליה לפירי ליתיה לגווזא דהדר מפיק לא מברכינן עליה בורא פרי העץ אלא בפה"א". הראשונים נתחבטו בפירוש הגמ' הנ"ל, והציעו כמה פירושים שונים. והגאונים פירשו אותה כך, הובא בר"ח (שם) בבה"ג ובאוצר הגאונים עמ' 91: "כל אילן דבסיתוא נתרי טרפי ופיישין גווזיה ועיילין מיא בגווזיה ומפיק טרפיה מן גווזיה אילן הוא, ומברכין על פירותיו בורא פרי העץ. אבל מאן דיביש בסיתויא וכלי גווזיה וטרפיה לגמרי והדר פארי משרשיו... מברכין על פירותיהן בפה"א". וכן פסק הרמ"א סי' רג ס"ב דמברכין על תותים בפה"א משום "והני כיון דכלה עציו לגמרי בחורף והדר פרח משרשיו מברכים עליו בורא פרי האדמה". ועוד טעם אחר שם מתוספתא, יעו"ש.
מנקודת מבט בוטנית דברי הגאונים הם קשיי ההבנה אצלי, האטדין והאילנות שניהם מוציאים פרי יותר מפעם אחת בחייהם (ועי' תוס' שם). וא"כ האטדין שמוציאין תותים אינם כָּלִים/מתים לגמרי בחורף (כדמשמע מפשטות דברי הגאונים והרמ"א, וע"ע ב"ח), אלא ע"כ כונתם שהענפים של תותי הסנה מוציאין ענפים אחרים בכל שנה שבהם צומחים התותים, אבל הענפים של שנה הקודמת מתייבשים ונכמשים (והתותים אינם צומחים מענפים הישנים) ומבחינה זה הם "כָּלִים" לגמרי. אלא שזה אינו, כי כל האילנות שאנו מברכין עליהם בפה"ע ג"כ מצמיחין ענפים חדשים שעליהם צומחין הפירות (תפוחים, אגסים וכו') ובאופן הנ"ל ממש, כידוע לבוטנאים ועובדי אדמה. וא"כ במה נשתנו אלו תותי הסנה?
מישהו יכול להפנות אותי למאמר שמבאר עיקר החילוק בין התותים ופרי האילן מבחינת בוטנית, באופן שיתאים לפירוש הגאונים (שמבוסס על הגמ' ברכות) שהובא ג"כ להלכה?