'אכן, אפילו קריאה שטחית של 'נפש החיים' מוכיחה בעליל שהספר נכתב כתגובה לתנועת החסידות ולפולמוס הגדול שהתעורר בעקבותיה, ויש מקומות בהם הגר"ח מצטט רעיונות וקטעים מספרי חסידות נודעים ושולל אותם בחריפות.
אולם יחד עם זאת, כפי שציינו כ"ק אדמו"ר זי"ע מליובאוויטש והגאון רבי מנחם מנדל כשר זצ"ל, ספרו של הגר"ח אינו מהווה פולמוס עם החסידות בלבד, אלא ניכרות בו גם השקעות גלויות ויניקות משמעותיות של השקפת החסידות'.
בהמשך המאמר מובאים דוגמאות מכמה סוגיות יסודיות
'בהן נראה כיצד משוקעים ב'נפש החיים' רעיונות וסגנונות שא"א לראותם אלא כתוצאה של קליטת רעיונות בצורה ישירה מספר התניא'.
אבחר בדבריי דלהלן להתמקד באחת הדוגמאות, הנושא בלשון הכותב הוא 'התמקדות באותיות התפילה', ומכאן יבואו הדברים בסדר שונה מן המקור.
כתב בספר מגיד מישרים לב"י (אזהרות פיסקא ב), ליזהר מלחשוב בשעת תפלה בשום מחשבה אפילו של תורה ומצות כי אם בתיבות התפלה עצמם.
בספר נפש החיים (שער ב פרק יג) הביא את הדברים, והוסיף, וז"ל,
דוק בדבריו שלא אמר לכוון בכוונת התיבות, כי באמת עומק פנימיות תיבות התפילה אין אתנו יודע עד מה, מה גם שנתגלה לנו קצת כונות התפילה מרבותינו הראשונים ז"ל קדישי עליונין ועד אחרון הרב הקדוש איש אלקים נורא האריז"ל אשר הפליא לעשות כונות נפלאות, אינם בערך טפה מן הים נגד עמק כונת אנשי כנסת הגדולה מתקני התפלה שהיו ק"כ זקנים ומהם כמה נביאים... לזאת מי הוא אשר עמד בסוד ה' על עמק כוונתו ית"ש איזה דרך אור ישכון אורה של כל תיבה פרטית מהם... אלא העיקר בעבודת התפילה שבעת שהאדם מוציא מפיו כל תבה מהתפלה יצייר לו אז במחשבתו אותה התיבה באותיותיה כצורתה ולכוין להוסיף על ידה כח הקדשה שיעשה פרי למעלה להרבות אורם וקדושתם.
[עצם ענין קדושת צורת האותיות מבואר בדברי השל"ה הק' בית אחרון מספר הפרדס, וכן בדברי הרמח"ל בספר קל"ח פתחי חכמה שער יח, ובענין הרמזים והסודות העמוקים שהוכנסו בתיבות התפילה ע"י אנשי כנסת הגדולה, יעויין עוד בשו"ת רב פעלים לבא"ח יו"ד סי' נו].
על כך מביא הרב גרינוולד מאחד הדרושים שאמר אדמו"ר הזקן בעל התניא (מאמרי אדה"ז כתובים ח"א עמ' כט):
'כשמדבק את עצמו באותיות נמצא הוא דבוק בהקב"ה, וכן בתפילה מהודו לה' שהם פסוקי דזמרה, והם פסוקי תהילים שאמרם דוד המלך ע"ה ברוה"ק, ויוצר אור עד גמירא – הכל נתקן ע"י אנשי כנה"ג שהם חגי זכריה מלאכי, וגם הם עשו עשו ברוח הקודש, וידוע ע"פ כתבי אריז"ל שהכל הוא בסדר נכון. והנה כשאדם מתפלל ולומד בכל כחו, אעפ"י שאינו מבין פי' המילות ותכליתו [נו"א מתפילתו], אעפ"כ צריך לעשות בכל כחו כי מי הוא זה שיבין לתכליתו, ואך העיקר כשעשה בכל כחו נמצא הוא מצמצם מדו"מ באותיות הקדושים ושם אור של הקב"ה ונמצא הוא דבוק בהקב"ה'.
ברם, נראה להעיר על כך, בדברי הנפה"ח מפורש זאת רק על כוונת התפילה, והערה מקורו טהור מדברי המגיד לב"י, ברם, בדברי בעל התניא נראה כי הדברים אמורים גם בנוגע ללימוד התורה, וכיילינהו אהדדי, ולכאורה נראה שזהו רעיון נפרד, ולאו מטעמיה דהנפה"ח דמיירי מצד כח תקנת אנשי כנה"ג לחוד, וצ"ע .
ואמנם כך מצינו בכו"כ מספרי גדולי החסידות, ראה בספר קדושת לוי פורים קדושה ראשונה; מאור ושמש פר' תרומה ד"ה והנה אמרנו; ועי' בנועם אלימלך פרשת וירא, 'דהנה כשעלה ברצונו יתברך לברוא את העולם להטיב לברואיו. צמצם הקדוש ברוך הוא את עצמו: ולהיכן צמצם את עצמו שמעתי מפי מורי זכרונו לברכה שצמצם עצמו בתוך האותיות התורה שבהם ברא העולם ואמר שזה הפירוש שאמרו חז"ל (עירובין כב א) כביכול ברוך הוא, רצה לומר על ידי כ"ב אתווין יכול הקדוש ברוך הוא להיות בזה העולם: והצדיק העוסק בתורה לשמה בקדושה הוא ממשיך את הבורא ברוך הוא ויתעלה בתוך האותיות של התורה כמו בשעת הבריאה].
כמובן יש עוד להשיב ולענות בתוכן המאמר הנ"ל ובחידושיו, ועוד חזון אי"ה.