אתן את רשות הדיבור לרבי צדוק הכהן זי"ע לנסח את השאלה, מתוך ספרו תקנת השבין:
...ונראה לי דזה סוד מה שאמרו (גיטין כ"ד א) שני יוסף בן שמעון וכן בכמה דוכתי דנקט יוסף בן שמעון והיה לו לינקט למשל ראובן בן יעקב כדרך שאמרו (שם פ"ז א) ראובן בן יעקב עד שהוא השבט הראשון והבן הראשון בישראל וכדרך שאמרו בכמה מקומות ראובן ושמעון ראובן שלקח שדה משמעון וכיוצא בו טובי שהם ראשוני השבטים וכן ביבמות (צ"ז ב) ראובן ושמעון ולוי וכן בכמה דוכתי ואפילו במקום איסור נקטו (שם י' א) יעקב אנס כלתו ומת ראובן וכו', ומה ענין לתפוס למשל יוסף בן שמעון שלא נמצא דוגמתו בכתוב כלל, וכן דברי חז"ל לא באו במקרה ושלא בדקדוק ואפילו במקום שנקטו למשל המורגל יש בו טעם נעלם גם כן וכל שכן במקום שנקטו משל שאינו מורגל: ורחוק לומר כי היה מצוי ביניהם יוסף בן שמעון הרבה, וכמדומה כי השם שמעון מצוי בין התנאים ואמוראי ארץ ישראל כר' שמעון בן לקיש ובן פזי ובר אבא וכיוצא טובי הכל מארץ ישראל, אבל בין אמוראי בבל לא נמצאו כמדומה רב שמעון [דהיינו שלא נסמך דאין סמיכה בבבל רק רבי שהוא מארץ ישראל] נראה דהשם שמעון לא היה מצוי כל כך שם, והשם יוסף מצוי באמוראי בבל ולא בארץ ישראל רק יוסי לא בתנאים ולא באמוראי ארץ ישראל, כמדומה אף ר' עקיבא בן יוסף וכיוצא אין מצוי כל כך כי שם היו קורין ליוסף יוסי ואם כן אדרבא אין יוסף בן שמעון מצוי כל כך וגם זה לא במקרה...
ועי"ש תירוצו. אבל מה בדרך הפשט? אולי י"ל בכיוון ההפוך, דוקא בגלל שזה היה צירוף לא מצוי נקטו כך, כי על צירופים מצויים באמת הזכירו דור שלישי והלאה. אולי ידוע לכם עוד?