כל לומד יודע שדברי האורים ותומים הם פסגת לימוד החשבון שבגמ', שהוא מחדש חידושים נוראים, ואח"כ לומד את הגמ' אתך ומראה אותך איך החשבון משתנה עפ"י דבריו.
אמנם בהרבה מקומות דבריו מוקשים מאד, ולא מובן הקישור, וצריכים לעמול קשה להבינם. רוב פעמים, כאשר דבריו מובאים בדברי הקצות והנתיבות, אינם מתמקדים אלא בעיקר היסוד שבדבריו, או בקושייתו, ולא בחשבון שבדבריו והוכחותיו.
האם יש ספרים הדנים בדבריו בדרך כלל. אני זוכר שבסי' כ"ה נכנס התפארת יעקב לעומקו של הלכה לברר את דבריו, האם יש ספרים אחרים כאלה? לא של ראשי ישיבות הדנים בהסברא גרידא, אלא הנכנסים לעובי הקורה.