על אף שהמוסתערבים הם אנשים פשוטים, והקיום הפיזי היה פעמים רבות לא פשוט בכלל, הם הקפידו על שמירת המצוות עד כמה שידעו. היו להם מנהגים מיוחדים ששימרו את מנהגי ארץ ישראל הקדמון. כך למשל עד המאה ה-16 מחזור קריאת התורה אצלם היה כפי שאנו מכירים מימי חז"ל בארץ - של שלוש שנים, ולא של שנה אחת כפי המקובל היום. בשבת חנוכה שהיא גם ראש חודש, היו מוציאים ספר תורה אחד בלבד, ולא שלושה.