בסידור רש"ס מביא שתי נוסחאות: זכרון לכולם יהיו (מקובל), או זיכרון לכולם היו (וכ"ג הגר"א).
פיסוק והבנת התפילה משתנה לגמרי לפי כ"א מהנוסחאות (וכן ביאר רש"ס).
לנוסחא א. ראשי חדשים לעמך נתת, זמן כפרה לכל תולדותם בהיותם מקריבים לפניך זבחי רצון ושעירי חטאת לכפר בעדם, זכרון לכולם יהיו ותשועת נפשם מיד שונא.
והכוונה בתפילה זו: שהיה זמן כפרה כשהקריבו. והשתא שאין כפרה כי אין קרבן, הקרבנות שהקריבו אבותינו יהיו זיכרון לכולם - גם השתא.
לנוסחא ב. ראשי חדשים לעמך נתת זמן כפרה לכל תולדותם, בהיותם מקריבים לפניך זבחי רצון ושעירי חטאת לכפר בעדם - זכרון לכולם היו ותשועת נפשם מיד שונא.
והכוונה בתפילה זו שראש חודש הוא יום כפרה. וכשהקריבו אבותינו הקרבנות היו להם לזיכרון, והשתא אין זיכרון, אבל הוא כן יום כפרה. וע"כ מבקשים 'מזבח חדש בציון תכין' - כדי שיהיה זיכרון.
והמ"ב כותב לא לשנות במקומות שרגילים כהנוסח הראשון.
ולכאורה מתפילת 'אתה יצרת' נראה כהנוסח השני: ותתן לנו וכו' וראשי חדשים לכפרה, ולפי שחטאנו וכו' חרבה עירנו. וע"ז מבקשים שתעלנו בשמחה לארצנו וכו'.
כלומר שר"ח הוא יום כפרה גם השתא. ופשוט דלכו"ע הוא היה יום כפרה, אלא שלנוסחא הראשונה האידנא אינו יום כפרה כי אין קרבן. וצ"ע.